En la Isla española, logra recolectar 16,500 números y 50 mil ejemplares, incluidas unas mil especies y 30 géneros nuevos para la ciencia. En 17 años de duros trabajos, Ekmán recolectó 35,712 números, compilando unos 100 mil ejemplares, alrededor de 2000 especies nuevas para la ciencia, y 55 géneros nuevos.
Las condiciones de vida en que Ekman se desenvolvió fueron de extrema austeridad; con muchas precariedades en su alimentación, sumamente modesto al vestir; mayormente dormía a la intemperie durante las excursiones botánicas.
Su última excursión la realizó al Firme de Banilejo entre S. José de Ocoa y Bonao en busca de una especie nueva, que Urban la nombró mas tarde en su honor Omphalea ekmanii. Desde el 10 de Enero de 1931 el estado de su salud comenzó a agravarse con ataques de fiebre palúdicas y principio de pulmonía.
En la mañana del 14 de enero fue internado en la clínica Altagracia de la ciudad de Santiago y murió a las 5 de la madrugada del 15 de Enero de 1931 a los 47 años de edad. Así termina la existencia física de uno de los botánico más famoso que ha explorado y estudiado la flora de las Antillas. Los restos de este insigne explorador están sepultados en el Mausoleo del Maestro en el Cementerio Municipal de la Ciudad de Santiago de los Caballeros, República Dominicana.
En reconocimietnto a la valiosa labor de investigación botánica en las islas de Cuba y La Española, le fueron dedicados varios géneros de plantas entre las cuales se destacan: Ekmania (Asteraceae); Ekmanienthe (Bignoniaceae); Ekmaniocharis (Melastoamtaceae); Ekmaniochloa (Poaceae) y Myrtemania, y decenas de especies como: el cacheo de oviedo, Pseudophoenix ekmanii; la sabina de bahoruco, Juniperus ekmanii; un ébano verde, Magnolia ekmanii; cae de Haití, Mora Ekmanii; el yarey haitiano, Copernicia ekmanii y muchas otras.
En la República Dominicana se le han ergido dos estatuas esculpidas en bronce, una en el cementerio de Santiago y la otra en la Plaza Central del Jardín Botánico Nacional de Santo Domingo; además de bautizar varias calles con su nombre, le han develizado dos tarjas en bronce una en el parque Plaza Valerio en la ciudad de Santiago, el 14 de octubre de 1950 en un acto auspiciado por la Sociedad Americana de Taxonomista de Plantas y la otra colocada en el Parque Central de San José de Ocoa el 15 de Enero del 2000 por el Jardín Botánico Nacional y la Asociación de Ocoeños residentes en Santo Domingo.